嘉永2年（1849年）4月17日誕生。従一位左大臣・一条忠香の三女で、生母は側室・新畑民子（忠香の正室は伏見宮順子女王）。右大臣・一条実良（1835−1868年）の妹。

徳川慶喜の婚約者であった千代君（照姫）は実の姉であり、千代君に代わって慶喜に嫁いだ美賀子（忠香養女、実は今出川公久の娘）とも義理の姉妹となる。 はじめの諱は勝子（まさこ）。通称は富貴君（ふきぎみ）、富美君（ふみぎみ）など。

安政5年（1858年）6月、寿栄君（すえぎみ）と改名（皇女富貴宮の諱を避けるため）。 慶応3年6月28日（1867年7月29日）、新帝明治天皇の女御に治定。伏見宮家の縁故で、女流漢学者で勤王論者の若江薫子（1835―1881年）が家庭教師として忠香の娘たちの養育に携わっていたが、女御を一条家から出すのに際し、薫子は姉を差し置いて妹の寿栄君を推薦したと言われている。

明治元年12月26日（1869年2月7日）、美子（はるこ）と改名。同月28日（1869年2月9日）入内して女御の宣下を蒙り、即日皇后に立てられた。 この際、天皇より3歳年長であることを忌避して、公式には嘉永3年（1850年）の出生とされた。

当初、中世以来の慣行に従って中宮職を付置され、中宮と称されたが、翌年、中宮職が皇后宮職に改められ称号も皇后宮と改められた。この時を最後に、中宮職は廃止され、中宮の称号も絶えた。

1912年（明治45年）7月30日、明治天皇が崩御し、皇太子・嘉仁親王が践祚すると同時に皇太后となった。 1914年（大正3年）4月9日2時10分、沼津御用邸にて崩御。公式には4月11日同時刻。

丸2日ずらされたのは、宮内省内蔵頭当時の収賄で司直の手が及びかけていた宮内大臣・渡辺千秋を急遽更迭させるための措置であった。

同年5月9日、宮内省告示第9号により「昭憲皇太后」と追号され、翌年5月1日に、明治天皇と共に明治神宮の祭神とされた。 陵墓は伏見桃山東陵（ふしみももやまのひがしのみささぎ）に定められた。

維新期の皇后として社会事業振興の先頭に立ち、華族女学校（現学習院女子高等科）や、お茶の水の東京女子師範学校（現・お茶の水女子大学）の設立、日本赤十字社の発展などに大きく寄与した（赤十字社の正式紋章「赤十字桐竹鳳凰章」は、紋章制定の相談を受けた際、皇后がたまたま被っていた冠が桐と竹の組み合わせで出来ていた事から、「これがよかろう」という事で決められたという）。

1912年（明治45年）、アメリカ合衆国の首都ワシントンD.C.にて第9回赤十字国際会議が開催された際、国際赤十字に対して皇后が10万円（現在の貨幣価値に換算すれば3500万円ともいわれる）を下賜した。赤十字国際委員会はこの資金を基にして昭憲皇太后基金 (Sho-ken Fund) を創設した。

この基金は現在も運用されており、皇后の命日に利子を配分している。 津田梅子ら女子留学生の派遣にも大きく関わったとされる。

皇后として欧化政策の先頭に立たなければならない立場を強く自覚し、1886年（明治19年）以降は、着用の衣服を寝間着を除いてすべて洋服に切り替えた。洋服を率先着用した理由としてもう一つ「上半身と下半身の分かれていない着物は女子の行動を制限して不自由である」という皇后自身の言葉も伝えられている。

現在の皇室で和服が着られないのは、この時の方針が踏襲されているため。 また、生涯に3万首を超える和歌を詠み、その一部が『昭憲皇太后御集』として伝わる。

御歌としては、1876年（明治9年）2月、東京女子師範学校に下賜した校歌「磨かずば玉も鏡もなにかせむ学びの道もかくこそありけれ」（玉も鏡も磨かなければ何にもならない。勉強もそういうもの）が有名であり、また、華族女学校の教育指針を詠んだ「金剛石」「水は器」等も、尋常小学校唱歌として広く歌われた。

現在も、学習院女子中等科・高等科で歌い継がれている。 崩御に際して英紙「タイムズ」は彼女の功績を高く評価する記事を掲載した（出雲井晶『エピソードでつづる　昭憲皇太后』参照）。

1884年（明治17年）に宮中改革を巡って明治天皇との関係が悪化していた伊藤博文が病気で倒れた際には、天皇に代わって見舞いの使者を出して両者の仲直りのきっかけを作った。

また、同年に宮内大輔の吉井友実が以前に社長を務めていた日本鉄道の上野 - 高崎間開通式典に出席した際に、明治天皇は出席に乗り気ではなく天気も一日中雨であったが、皇后は終始笑顔で応対し吉井を感激させた（吉井の宮島誠一郎宛書簡）。

明治になって再び朝廷に政権が返った事により、江戸幕府の大奥や西洋の宮廷の例のように、皇后や周辺が国政に関与する可能性も生じたが、自らを戒め、国政には直接関与しなかった。

また、香川敬三や下田歌子など側近を得て、近代日本の皇后像を確立した。 1904年（明治37年）2月、日露戦争の前夜、葉山の御用邸に滞在の折、37,8歳の武士が白衣で皇后の夢枕に立ち、戦いの際の海軍守護を誓ったという。

宮内大臣田中光顕に下問したところ、田中は坂本龍馬の霊であるとし、これが新聞に載って国民の士気を鼓舞し、霊山官祭招魂社内にある坂本龍馬の墓前に忠魂碑が立てられるに至った。野田正彰はこの説に批判的で、龍馬と同郷（高知出身）の田中が龍馬を国威発揚に利用するため流した風説であるとの立場を採っている。

ちなみに野田もやはり同郷である。 その当時の日本女性には珍しく鼻筋の通った顔立ちであり、明治天皇にからかい混じりに「天狗さん」と渾名されていたという。 天皇の前では決して吸うことはなかったが、大変なパイプ好きであったという。