長崎奉行（ながさきぶぎょう）は江戸幕府の遠国奉行の一つ。戦国時代大村氏の所領であった長崎は、天正8年（1580年）以来イエズス会に寄進されていたが、九州を平定した豊臣秀吉は天正16年（1588年）4月2日に長崎を直轄地とし、ついで鍋島直茂（肥前佐賀城主）を代官とした。

文禄元年（1592年）には奉行として寺沢広高（肥前唐津城主）が任命された。これが長崎奉行の前身である。

秀吉死後、関ヶ原の戦いで勝利した徳川家康は豊臣氏の蔵入地を収公し、長崎行政は江戸幕府に移管された。初期は竹中重義など徳川秀忠側近の大名が任ぜられたが、やがて小禄の旗本が、のちには1000〜2000石程度の上級旗本が任ぜられるようになった。

長崎奉行職は幕末まで常置された。

当初定員は1名で、南蛮船が入港し現地事務が繁忙期となる前（6月頃）に来崎し、南蛮船が帰帆後（10月頃）に江戸へ帰府するという慣習であった。

しかし、島原の乱後は有事の際に九州の諸大名の指揮を執るため、寛永15年（1638年）以降は必ず1人は常駐する事になった。

寛永10年（1633年）2月に2人制となり、貞享3年（1686年）には3人制、ついで元禄12年（1699年）には4人制、正徳3年(1713年）には3人制と定員が変遷し、享保期（1716年〜1736年）以降は概ね2人制で定着する。

天保14年（1843年）には1人制となったが、弘化2年（1845年）からは2人制に戻った。定員2名の内、1年交代で江戸と長崎に詰め、毎年8月から9月頃、交替した。また、延享3年（1746年）以降の一時期は勘定奉行が兼任した。

奉行は老中支配、江戸城内の詰席は芙蓉の間で、元禄3年（1690年）には諸大夫格（従五位下）とされた。その就任に際しては江戸城に登城し、将軍に拝謁の上、これに任ずる旨の命を受ける。