元々は萬昌院という寺と功運寺という別々の寺であったが、1948年に合併してできた寺である。萬昌院は山号を久寶山(くほうざん)といい戦国武将・今川義元の三男、今川長得が1574年に仏照円鑑禅師を招き江戸・半蔵門近くに開いた寺であった。
その後市谷田町、筑土八幡町(いすれも現在の新宿区)と幾度かの移転を経て1914年に現在地に移転してきたが、1917年に火災により本堂・書院などが焼失してしまった。
一方、功運寺は永井尚政によって開かれた寺で、山号は竜谷山(りゅうこくさん)。1598年に尚政の父と祖父のために黙室芳誾禅師を招き、江戸・桜田門外で開いた寺である。
その後三田(芝三田功運町)に移り、1922年に当地に移転してきた。その後戦後の1948年に萬昌院と功運寺が合併し現在に至っている。本尊は、釈迦如来坐像。